遺伝子情報処理 Home Page
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リンク集
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データベース
Genome Top Sites
ゲノムセンター
Genome Informatics
Tools
出版社、雑誌
データベース
DDBJ
日本DNAデータバンク。DNA,RNAの塩基配列を収集している。
下記のGenBank,EMBL,GSDBと毎日データ交換を行なっているので、これらのデータベースは常に同じデータを共有している。
NCBI/GenBank
NCBI(National Center for Biotechnology Information)
GenBank
Genome Sequence DataBase
原核生物、古細菌、真核生物のゲノムデータベース。
European Molecular Biology Laboratory(EMBL)
EBI
EBI(European Bioinformatics Institute)
SWISS-PROT
タンパク質のアミノ酸配列データベース。
PROSITE
タンパク質のアミノ酸配列上のモチーフ・パターンのデータベース。
PDB
Protein Data Bank
タンパク質の立体構造のデータベース
PIR (Protein Identification Resource)
種名、キーワードなどからタンパク質配列を検索できる。
GenQuest - The Q server
タンパク質またはDNAの配列の相同性検索ができる。
GSDB(Genome Sequence DataBase) , PDB , Prosite , SWISS-PROT の全エントリーから検索できる。
OWL-Web
キーワードを用いてタンパク質配列を検索できる。
NRL_3D_Web
種名、キーワードなどからPDBを検索できる。
FlyBase(ショウジョウバエのゲノムデータベース)
JflyのWWWサーバー
ショウジョウバエに関する日本語の情報・文書が収集されている。
家畜ゲノムデータベース
農林水産省畜産試験場が構築・運用している。家畜についてキーワードによる検索と locus symbol による検索が可能。
同試験場には、
The Jackson Laboratory
が作成しているマウスのゲノムデータベースの日本のミラーサイト
Mouse Genome Informatics Japan mirror site
がある。
CyanoBase
かずさDNA研究所
が作成・公開しているラン藻のゲノムデータベース。
BodyMap
大阪大学細胞生体工学センター
によるヒトの遺伝子発現制御機構データベース。
Aberrant Splicing Database
SPAD
遺伝子発現機構とPDB,GenBank等のデータを統合した細胞内情報伝達機構のデータベース。
農林水産DNAバンク
農林水産省ゲノムプロジェクト
イネゲノムプロジェクト
家畜ゲノムプロジェクト
の他、DNA物質の配布、DNA情報の検索 (
DISC
)をサービス。
The Rat Genome Database
ArkDB
豚、鶏、馬、牛、猫のゲノムデータベース
Cooperative Human Linkage Center (CHLC)
GenLink
located in
Washinton University Division of Human Molecular Genetics
Human Mitochondrial DNA
Marshfield Medical Research Foundation Center for Medical Genetics
TelDB: GenLink Multimedia Telomere Resource
La Trobe University Comparative Genome Mapping
Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research(WHEI)
Genome Top Sites
The World-Wide Web Virtual Library: Biochemistry, Molecular Biology
分子生物学の各種サーバーのリスト。
TIGR WWW SERVER
The Institute for Genemic Research のサーバー。
ヒトゲノム、微生物ゲノムのデータベースへのリンク、各種ツールの リスト。
The World-Wide Web Virtual Library: Genetics
生物種別のゲノムプロジェクトのリンク集等、遺伝関係のリンク集 (充実しています).
Pedro's BioMolecular Research Tools
(Japan mirror)
各種ツール、journals、サーバーのリンク集
Bio-wURLd
遺伝子情報処理・生化学・分子生物学のサイトのサーチエンジン。
GenomeNet WWW server
ゲノムネットのサーバー。
各種データベースサービス、ヒトゲノムプロジェクト関連の情報あり。
基礎生物学研究所
岡崎国立共同研究機構・基礎生物学研究所(NIBB)のホームページ。
NCC entry Point
国立がんセンターのサーバー
日本生物物理学会
ここ
には各学会のホームページへのリストがあります。
BIOSCI
USENET のニュースグループ bionet や生物学関連の Mailing List へのリンク等、生物学関連の情報を集めたページ
大阪大学遺伝情報実験施設
核酸・タンパク質などの配列データを中心に各種データベースを常に最新の状態に保って提供している。
慶應義塾大学生命情報研究室
DNA配列解析関係のわかりやすいテキストがある。
Human Genome Calendar
ゲノム研究関連のミーティングのカレンダー。
ゲノムセンター
ヒトゲノム
Allegheny-Singer Research Institute Department of Human Genetics
Baylor College of Medicine Human Genome Center
Columbia University Genome Center
Lawrence Berkeley National Laboratory Human Genome Center (LBNL)
Lawrence Livermore National Laboratory Biology and Biotechnology Research Program (LLNL)
Los Alamos National Laboratory (LANL)
Center for Human Genome Studies
Lawrence Berkeley National Laboratory Human Genome Center
McDermott Center for Human Growth and Development
ヒトゲノムのシークエンシングとマップ
Human Genome Center for Chromosome 22 and Beyond (University of Pennsylvania)
第22染色体
Peter O'Connell's Laboratory Home Page (University of Texas Health Science Center)
chromosome 3 mapping
Molecular Evolution and Immunology Group
University of Victoria, Department of Biology
Chromosome7mapping
University of Washington Genome Center
ヒト第7染色体、ヒトHLA、マウスT-cell receptor
Washington University Center for Genetics in Medicine
ヒトX染色体のマッピング
Chromosome 12 Genome Center (Yale)
ヒト第12染色体マッピング
Human Genome Project
(Sanger Center)
ヒト染色体1,6,20,22,X
Human Genome Mapping Project Resource Centre
ヒトゲノムプロジェクト支援のためのツールやサイト等のリソース集
C
entre d'
E
tude du
P
olymorphisme
H
umain
ヒト第21染色体マッピング、genotype database
Genethon
ヒトゲノムセンター CEPH 共同のgenetic map, データベース等
Genome Sequencing Centre Jena
(Institute of Molecular Biotechnology in Jena,Germany)
ゲノムシークエンシングセンター ヒト(7、11、21、X染色体)、マウス、菌類、バクテリアのシークエンシングproject
ヒト以外のゲノム、ゲノム一般
Washington University Genome Sequencing Center
イースト、C.elegans のシークエンシング
Whitehead Institute Center for Genome Research (at MIT)
マウス/ラットゲノムマップ、ヒトphysical map
Sanger Center
DKFZ (German Cancer Research Center)
Heidelberg, Germany
Genome Informatics
ゲノム情報におけるアルゴリズム
A*アルゴリズム
東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命工学専攻
生物情報工学研究室
生体分子の構造予測、遺伝情報解析、大規模並列コンピューティングとその生命科学への応用他、生物・情報に関するテーマを研究。
Eleanor Roosevelt Institute
(University of Colorado)
Pittsburgh Supercomputing Center Biomedical Supercomputing Initiative
CCP11 - Biosequence and Structure Analysis
INFOBIOGEN
Villejuif, France
Australian National Genomic Information Service
CAOS/CAMM National Center for Computer-Aided Chemistry and Bioinformatics
The Netherlands
Tools
Entrez
NCBIのデータベースから、核酸、タンパク質配列、ゲノム/染色体マッ プ、文献検索を WWW 上で行なえる。
bioTk Home Page
遺伝子情報処理向けに使いやすくデザインされたGUIライブラリ
bioTk
のホームページ。
Virtual Genome Center
DNA配列の翻訳・codon usage の計算他のデータ解析サービスを行なうサイト。
PSORT WWW Server
アミノ酸配列の protein sorting signal の予測システム。
SOSUI
膜タンパク二次構造予測システム。
未知のアミノ酸配列が膜タンパク質か否かの判別と二次構造(膜貫通領域 )を予測するシステム。
BCM Search Launcher
WWW上で行なわれているアミノ酸/核酸配列のアライメント、遺伝子同定、タンパク質配列のモチーフ検索、二次構造予測等のサービスのコレクション。
CGSC:E.coli Genetic Stck Center
大腸菌の遺伝子情報が検索できる
University of Michigan Biomedical Research Core Facilities
タンパク質、DNA合成、Transgenic animal 、DNAシークエンシング、NMR、酵素DBなどのリソースが集められている。
TigemNet(
T
elethon
I
nstitute for
Ge
netics and
M
edicine)
blast を使用した検索サービス等を行なっている
Australian Genome Research Facility
The Genetic Algorithms Archive
遺伝的アルゴリズム(Genetic Algorithm)に関する情報のアーカイヴ。 GA関係の会議、ML(GA-List)のバックナンバー、GAのソフトに関する情報がまとめられている。
USENET の ニュースグループ comp.ai.genetic の FAQ 集
Genetic Programming
遺伝的アルゴリズム(Genetic Algorithm)に関する情報。FAQ,ソフトウェアなど。
出版社、雑誌
Nature Japan Home Page
nature Japanのホームページ。ユーザー登録(無料)すると Nature のハ イライト(和訳)を読める。
Nature USA
WWW 版 Nature 。ユーザー登録(無料)すると Nature の記事すべてを読める。
JMB Online
WWW 版 Journal of Molecular Biology.
ユーザー登録(無料)すると、記事のアブストラクト(HTML)と全文(PDF) を読める。
Analytical Biochemistry
Molecular and Cellular Biology
Annual Review Series
Annual Review of Biochemistry
Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure
Annual Review of Plant Physiology and Plant Molecular Biology
朝倉書店
岩波書店
「科学」
の各号の目次紹介あり。
化学同人
共立出版
1995年7月〜1997年12月の刊行物は
こちら
で。
講談社
本を検索するには
講談社BOOKCLUB
が便利
裳華房
雑誌
「遺伝」
の目次紹介あり。
東京化学同人
日経サイエンス
丸善
羊土社
「実験医学」の目次紹介あり。
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