ICOT で開発したシステムを使うには?

ICOTでは開発段階で実際に生物学の研究者の方々に使っていただき、開発・改良を加えてきました。
そして、タンパク質／核酸配列解析システムは「ICOTフリーソフトウェア」 (以下 IFS )として公開しています。

93.　並列反復改善法によるマルチプルアライメント（KLIC版）
タンパク質／核酸配列のアライメント解析で紹介した並列反復改善法のKLIC版です。
95.　RNAの構造を考慮したアライメントプログラム
核酸の一種RNAは“ステム構造”という特徴的な構造を持っています。この構造に起こる相補的突然変異変移を考慮しながら、並列反復改善法などで得た暫定的なアライメント結果を精緻化するものです。
97.　隠れマルコフモデルの逐次状態分割法による蛋白質配列の分類
多数のタンパク質のアミノ酸配列を、隠れマルコフモデル(Hidden Markov Model)を用いてモデル化するプログラムです。
98.　判別分析に基づいた DNA配列の解析
DNA配列上の特徴的なパターン(シグナルパターン)は機能部位の予測などに用いられます。このプログラムでは判別分析を用いてシグナルパターンを抽出します。

また、AITEC が行なっている「委託研究」において、タンパク質のアミノ酸配列を解析するシステムSOSUIが研究・開発されました。
このシステムは現在以下のサイトで実現されています。

膜タンパク二次構造予測システムSOSUI