(99) 隠れマルコフモデルと遺伝的アルゴリズムによる DNA 配列の解析


	マ シ ン：UNIXマシン
	環　　境：UNIX
	言　　語：C
	ソース量：250 KB
	文　　書：ユーザーズマニュアル (日本語 / 英語)

概要

隠れマルコフモデル (HMM) と遺伝的アルゴリズム (GA) を用いてDNA配列群の シグナルパターンを抽出する。

特徴

機能部位のシグナルパターンの抽出は、遺伝子情報処理における重要な問題の 一つである。シグナルパターンは、DNA -蛋白質間の相互作用に関する考察や 遺伝子同定における機能部位の予測などに用いられる。本プログラムは、HMM と GA を用いて DNA 配列群のシグナルパターンを抽出する。シグナルパター ンは HMMの形式で表現される。HMM のネットワーク形状は、GA によってモデ ルの適合性と複雑性を考慮しながら最適化される。各 HMM の評価値の算出部 分は、各々別のプロセスで実現されており、並行処理が可能である。

機能

  1. DNA 配列群に含まれるシグナルパターンが、HMM の形式で抽出される。
  2. HMM のネットワーク形状は、GA によってモデルの適合性と複雑性を考慮 しながら最適化される。
  3. 各 HMM の評価値の算出部分は、並列に処理することができる。
  4. 生成された HMM を用いて、DNA 配列の機能部位予測や判別を行なうこと ができる。

ＦＴＰ

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