[[Documentation]]

* UNYO-UNYO
実行時に--guiオプションを付けることで、LMNtalプログラムを可視化することができる。
Execution of LMNtal programs can be visualized by giving the ''--gui'' option
at runtime.

** 実行時のスクリーンショット
*** c60を四つ生成した様子
The following is a screenshot of four fullerenes (C60), each generated 
in separate membranes.  This was obtained by hitting ''Go ahead'' repeatedly
and then by ''heating up'' the graph once.  The membranes have been dragged
manually but no manual raveling of graphs has been made.

//** &//#23455;行時のスクリーンショット
//*** c60を四つ生成した様子
&ref(unyounyo061206.png);

起動後、Go aheadを連打し、Heatuoを一回行った結果。手動でのほぐし作業は全く行っていません。膜は見やすい位置に移動しました。
//起動後、Go //aheadを連打し、Heatuoを一回行った結果。手動でのほぐし作業は全く行っていません。膜は見やすい位置に移動しました。

*** 26本の多重リンクをした様子
&ref(unyounyo061209.png);
//*** //26本の多重リンクをした様子
//&ref(unyounyo061209.png);

*** 52本の自己リンクをした様子
&ref(unyounyo061210.png);
//*** //52本の自己リンクをした様子
//&ref(unyounyo061210.png);

** 操作説明
*** メインパネル(一番大きいパネル)
主にアトムや膜が描画されます
- Ctrlを押しながら膜をクリックすると表示、非表示を切替えられる
- ダブルクリックでノード(アトムや膜)の固定、開放を切替えらる
-- 固定されたものは、力学モデル計算による移動を一切行わない
-- 固定されたノードでも、周囲への力学的影響は与える
-- アトムをダブルクリックでアトムの固定
-- 非表示の膜をダブルクリックで膜の固定
--- 膜の中のノードも固定されるため、表示設定にしたときには中のノードも固定されている
-- 表示の膜をダブルクリックで膜に含まれるノードを全て固定
- ドラッグでノードの移動が行える
-- ドラッグ中のノードは力学的影響を受けない
- なにもない部分をドラッグすると全体を移動する
*** ログパネル(下部のパネル)
実行中の状態をテキストベースで表示。ただし、世界膜も表示されてしまうので注意。
//** How to Use
*** Main Panel

*** コントロールパネル(右のパネル)
- Go aheadで反応を進める
-- 左のテキストボックスに一度の実行で進めたい反応数を指定できる(デフォルトでは1ステップ)
- Show Allで全ての膜を表示設定にする
- Hide Allで全ての膜を非表示設定にする
- Heatupで所属膜の中心から反発する力を受ける
-- 世界膜からも影響を受けるため、膜に所属していないノードも影響を受ける
-- 実行中は残り実行時間を左上に表示する
-- 実行するたびに実行時間が100ずつ加算される。
--- 100は100ステップの意味
-- 実行中もAttraction(引力)以外の力学的影響を受ける
--- より発散させたい場合は他の力学モデルの計算を切った方が良い
--- バネモデルの力は発散中に限りランダムになる。
--- ノード間斥力ははっ発散中に限り大幅に増大する。
- Stop Heatingで発散処理を打ち切る
- Take Historyでプログラムの反応履歴を保存できる。保存された反応履歴は下部ウィンドウのスライドバーで表示可能
- Show Link Numberにチェックが入っていると、リンクの引数番号が表示される
//メインパネル(一番大きいパネル)
This is the panel where hierarchical graphs are drawn.
//主にアトムや膜が描画されます
- The contents of a cell can be shown or hidden by pressing ''Ctrl'' and clicking the cell.

//Ctrlを押しながら膜をクリックすると表示、非表示を切替えられる
- Atoms and cells can be pinned down or freed by double-clicking them.
//ダブルクリックでノード(アトムや膜)の固定、開放を切替えらる
-- Pinned-down entities can be moved manually but will not move automatically.
//固定されたものは、力学モデル計算による移動を一切行わない
-- They still affect other entities physically.
//固定されたノードでも、周囲への力学的影響は与える
-- An atom will be pinned down by double-clicking it.
//アトムをダブルクリックでアトムの固定
-- A hidden cell will be pinned down by double-clicking it.
//非表示の膜をダブルクリックで膜の固定
--- Nodes in the cell will be pinned down also.
//膜の中のノードも固定されるため、表示設定にしたときには中のノードも固定されている
-- The nodes of an unhidden cell will be pinned down by double-clicking the cell.
//表示の膜をダブルクリックで膜に含まれるノードを全て固定
- A node can be moved by dragging it.
//ドラッグでノードの移動が行える
//-- //ドラッグ中のノードは力学的影響を受けない
- The whole graph can be moved by dragging the background.
//なにもない部分をドラッグすると全体を移動する
*** Log Panel (below)
//ログパネル(下部のパネル)
The log panel shows the text representation of the current graph.  For technical reasons, the whole graph is enclosed by a global (root) membrane.
//実行中の状態をテキストベースで表示。ただし、世界膜も表示されてしまうので注意。

*** Control Panel (right)
//コントロールパネル(右のパネル)
- ''Go ahead'': performs one-step reduction.
//で反応を進める
-- For multi-step reductions, change the number in the text box to the left.
//左のテキストボックスに一度の実行で進めたい反応数を指定できる(デフォルトでは1ステップ)
- ''Show All'': show the contents of all cells.
//で全ての膜を表示設定にする
- ''Hide All'': hide the contents of all cells.
//で全ての膜を非表示設定にする
- ''HeatUp'': give repulsive force from the center of a cell.
//で所属膜の中心から反発する力を受ける
//-- //世界膜からも影響を受けるため、膜に所属していないノードも影響を受ける
//-- //実行中は残り実行時間を左上に表示する
//-- //実行するたびに実行時間が100ずつ加算される。
//--- 100は100ステップの意味
//-- //実行中もAttraction(引力)以外の力学的影響を受ける
//--- //より発散させたい場合は他の力学モデルの計算を切った方が良い
//--- //バネモデルの力は発散中に限りランダムになる。
//--- //ノード間斥力ははっ発散中に限り大幅に増大する。
- ''Stop Heating'': stop repulsive force.
//で発散処理を打ち切る
- ''Take History'': record the history of reductions.  The previous states can be displayed by using the slider of the log panel.
//でプログラムの反応履歴を保存できる。保存された反応履歴は下部ウィンドウのスライドバーで表示可能
- ''Show Link Number'': display the argument number of atoms.
//にチェックが入っていると、リンクの引数番号が表示される
- Show Full Nameにチェックが入っていると、アトム名が全て表示される。チェックが外されている場合は、アトム名の頭文字がアトムの内側に表示される。
- Show Rulesにチェックがはいっていると、ルールが表示される。
- Calc Angleにチェックが入っていると角解像度(最小の角度)を大きくする力を加える
- Calc Springにチェックが入っているとバネモデルの力をリンクに持たせる
- Calc Replusiveにチェックが入っていると、各ノードが重ならないように力を加える
- Calc Attractionにチェックが入っていると、所属膜の中心と弱いバネで結び引力を加わえる
- スライダーで拡大縮小を行う
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