(98) 判別分析に基づいた DNA配列の解析
マ シ ン:UNIXマシン
環 境:UNIX
言 語:C
ソース量:100 KB
文 書:ユーザーズマニュアル (日本語 / 英語)
概要
判別分析 (数量化理論第II類) を用いて DNA配列群のシグナルパターンを抽出
する。
特徴
機能部位のシグナルパターンの抽出は、遺伝子情報処理における重要な問題の
一つである。シグナルパターンは、DNA -蛋白質間の相互作用に関する考察や
遺伝子同定における機能部位の予測などに用いられる。本プログラムは、2つ
のカテゴリー (正例と負例) に分類された DNA配列群について、判別分析 (数
量化理論第II類) を適用したシグナルパターンの抽出を行なう。
機能
- 2つのカテゴリー (正例と負例) に分類されたDNA配列群について、シグナ
ルパターンの抽出を行なう。
- 判別に対する寄与を表すカテゴリー数量が算出される。(カテゴリー数量
は、配列中の各位置における A, T, C, G の 4塩基について定義されている。)
- 統計検定によって、判別に関して必要なカテゴリー数量の最小セットを選
択するすることができる。
- 算出されたカテゴリー数量を用いて、機能部位の予測やDNA配列群の判別
を行なうことができる。
FTP
- README.
- 判別分析に基づいた DNA配列の解析 [30K]
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