(98) 判別分析に基づいた DNA配列の解析


	マ シ ン:UNIXマシン
	環  境:UNIX
	言  語:C
	ソース量:100 KB
	文  書:ユーザーズマニュアル (日本語 / 英語)


概要

判別分析 (数量化理論第II類) を用いて DNA配列群のシグナルパターンを抽出 する。

特徴

機能部位のシグナルパターンの抽出は、遺伝子情報処理における重要な問題の 一つである。シグナルパターンは、DNA -蛋白質間の相互作用に関する考察や 遺伝子同定における機能部位の予測などに用いられる。本プログラムは、2つ のカテゴリー (正例と負例) に分類された DNA配列群について、判別分析 (数 量化理論第II類) を適用したシグナルパターンの抽出を行なう。

機能

  1. 2つのカテゴリー (正例と負例) に分類されたDNA配列群について、シグナ ルパターンの抽出を行なう。
  2. 判別に対する寄与を表すカテゴリー数量が算出される。(カテゴリー数量 は、配列中の各位置における A, T, C, G の 4塩基について定義されている。)
  3. 統計検定によって、判別に関して必要なカテゴリー数量の最小セットを選 択するすることができる。
  4. 算出されたカテゴリー数量を用いて、機能部位の予測やDNA配列群の判別 を行なうことができる。

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