(93) 並列反復改善法によるマルチプルアライメント (KLIC版)


	マ シ ン：UNIXマシン
	環　　境：UNIX, KLIC
	言　　語：KL1, C
	ソース量：3 MB
	文　　書：マニュアル (日本語 / 英語)

概要

タンパク質配列の類似部分を揃えるマルチプルアライメントという解析課題を解決するものであり、IFS No75の KLIC版である。

特徴

最適化を行うダイナミックプログラミングのモジュール。各プロセッサで、並列に実行されるモジュールであり、KLIC処理系で動作する KL1言語で書かれたコードの他に、C言語で直接記述したコードも用意している。
並列実行を管理するモジュール。主にマスタープロセッサで動作するモジュールで、KLIC 処理系で動作する KL1言語で書かれている。
その他、性能比較のために、全体のアルゴリズムを C言語で逐次的に記述したモジュール、代表的な逐次アルゴリズム記述したモジュールも附属している。

機能

ダイナミックプログラミングによる部分的な最適化を、反復的に行う反復改善法を並列化している。具体的には、反復の各段階で、可能な部分的最適化を複数、それぞれ各要素プロセッサで並列に行い、そのうちで一番評価の良い結果を採用する、一種の山登り法をとっている。このプログラムは、KLIC 処理系で処理でき、UNIX の基本部分が動作する並列計算機システムで動作させることにより、大規模のマルチプルアライメントの問題を高品質に解決できる。解決結果は生物学的分析を加えるのに足る、信頼性の高いものとなっている。また、本プログラムの動作の挙動を解析することにより、並列問題解決や並列負荷分散の観点から、貴重な知見が得られる。

ＦＴＰ

並列反復改善法によるマルチプルアライメント (KLIC版) [626K]

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