（７６）知識を用いたアライメントの修正プログラム


	マ シ ン：PIM/m
	環　　境：UNIXS, PIMOS
	言　　語：KL1, C
	ソース量：1.73 MB
	文　　書：マニュアル (日本語)

概要

本プログラムは、タンパク質配列の類似部分を揃えるマルチプルアライメント という課題の解析結果を、生物学的な観点から、より意義深い結果に修正する ものである。

特徴

生物学者がアライメントを修正するにあたって、どのような方策を適用するか などの知識を抽出するためのインターフェースツールも合わせ持っている。ユー ザーインターフェース部分はUNIX上で動き、自動アライメント機能はPIM/m上 で動く。この２つのプログラムは、ソケットでつながっている。

機能

マウスを用いて、マルチプルアライメントが編集でき、モチーフデータベース prositeを検索でき、指定した部分配列の自動アライメント機能を有する（KL1 プロウグラムをコールする）。このツールはC言語、Xlib,OSF/Motifで書かれ、 ユーザが注目する部分のアライメントが操作性良く行える。部分アライメント の処理は、KL1で書かれたプログラムを呼び出し、その結果を画面に反映させ るかたちで実行される。

自動アライメント機能は、配列数63本以下の場合は、要素プロセッサが64台構 成のPIM/m上でも実行可能だが、配列数64本以上の場合は、要素プロセッサが 256台構成のPIM/m上での実行の方がより望ましい。

ＦＴＰ

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