（７５）並列反復改善法によるマルチプルアライメント


	マ シ ン：PIM/m
	環　　境：PIMOS
	言　　語：KL1
	ソース量：0.42 MB
	文　　書：マニュアル (日本語)

概要

本プログラムは、タンパク質配列の類似部分を揃えるマルチプルアライメント という解析課題を解決するものである。解析アルゴリズムには、ダイナミック プログラミングによる部分的な最適化を、反復的に行う反復改善法を並列化し て実装している。

特徴

具体的には、反復の各段階で、可能な部分的最適化を複数、それぞれ各要素プ ロセッサで並列に行い、そのうちで一番良い結果を採用する、一種の山登り法 をとっている。

機能

このプログラムは、KL1で書かれており、PIM上で動作させることにより、大規 模のマルチプルアライメントの問題を高品質に解決できる。たとえば、80文字 の長さの配列22本のマルチプルアライメントが、要素プロセッサが256台構成 のPIM/m上で、およそ10分で解決できる。解決結果は生物学的分析を加えるの に足る、信頼性の高いものとなっている。また、本プログラムの動作の挙動を 解析することにより、並列問題解決や並列負荷分散の観点から、貴重な知見が 得られる。

本プログラムは、配列数10本以下の場合は、要素プロセッサが64台構成の PIM/m上でも実行可能だが、配列数11本以上の場合は、要素プロセッサが256台 構成のPIM/m上での実行の方がより望ましい。

ＦＴＰ

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