マ シ ン:PIM 環 境:PIMOS, SIMPOS 言 語:KL1, ESP ソース量:0.5 MB 文 書:なし
Generator: 3次元DPを行うプロセスネットワークを構築する。 Cost Evaluate Process: コストを計算して実際にDPを行う。
HEKLLHPGIQKTTKLFGETTY LHQLTHLSFSKMKALLERSHSPYY ELHSFTHCGQTALTLQという3つのタンパク質のアミノ酸配列は、
--HEKLLHPGIZKTTKLF-GET--YY -LHQ-LTHLSFSKMKALLERSHSPYY ELHS-FTHCG---QTAL--TLQ---- ^ ^ ^ | | |のように整列させることができる。ここで挿入されているハイフンは、進化過 程で起きた欠失を表す。整列結果の中でよく保存している部分「↑」は、タン パクの機能上重要な部分に対応する。
このプログラムはダイナミックプログラミング法 (DP)という組み合わせ最 適化問題を解く際によく使用される方法を並列化して実装されている。3次元 DPを用いており。3本の配列を複数組実行することができる。