１ モチーフ抽出問題

モチーフとは、同種のタンパク質に共通して見られるアミノ酸配列バターンで
ある。モチーフはタンパク質の機能、構造を特徴づけ・進化の過程でも保存され
てきたと考えられている。代表的なモチーフの例をあげる。




２ 記述長最小基準(MDL)によるモチーフ評価

モチーフの評価基準として、MDL基準を採用した。MDL基準は、次式で与
えられる記述長が小さいモチーフをより良いモチーフと考える基準である。


記述長＝モチーフの複雑さ＋分類誤りの程度


MDL基準は、下図のような、分類誤りはあるが単純なモチーフと分類誤りは
ないが複雑なモチーフとの比較基準を与える。



					- 94 -