分子生物学への応用

対象とする問題:

分子生物学データは増加の一途であり、自動的な解析の方法を考案すること
と、そのために可能な限りの知識を自動的に利用できる形で表現することが必要
とされている。表現すべき知識としては、タンパク質に関するデータベースとい
う観点からは以下のものが挙げられる。

タンパク質の機能の記述

公共データベースの統合的表現

未整理データの暫定表現


Quixoteの利点:

Quixoteの基本機能は分子生物学の知識表現にさまざまな利点を提供する。
下記のデモ内容以外に、以下のような利点が考えられる。

モジュールによる物質/種固有な知識の記述

モジュールによる各公共データベース固有な知識の記述

モジュールによる未整理矛盾データの隔離


デモ内容:

ProSiteの表現
機能モチーフのひとつ、zinc fingerを例に、Quixoteを使った場合とテー
ブルで格納した場合との表現の違い、使われ方の違いを示す。

    -スキーマの柔軟性
    -質問処理能力

シトクロームの機能
代謝反応の一部であるシトクロームの電子輸送の機能を例にQuixoteの
モジュールの効果とオブジェクト間関係の利用法の一例を示す。

    -モジュールによる回答の詳細化レベルの設定
    -オブジェクト階層によるシソーラス表現

クエン酸回路の表現
同じく代謝反応の一部であるクエン酸回路と、大腸菌などにみられるグリオ
キシル酸回路の差異を例に、代謝経路の表現・識別方法について述べる。
    
    -ループを含むバスの表現

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